無菌均質器的使用是一個很重要的環節，我們在使用中需要注重使用的細節操作，我們在設計時，為了不讓均質袋破裂，在其底部設計成鏤空設計，在鏤空設計的上方放置了水盤，如此一方面便于在均質袋意外破裂時，我們可方便的清洗，另一方面不會損害無菌均質器的其他重要元器件。所以在均質的過程中，如果發生意外破裂，請大家不要驚慌，只要將無菌均質器停止工作，替換均質袋，清洗完無菌均質器內部就行了。不可再無菌均質器運行中，強行將門打開，這是很危險的操作，如此會傷害到我們的手指。
　　我們在把樣品裝入無菌均質袋后，在放入無菌均質器之前要檢查一下里面的托盤上下有沒有異物。
　　無菌均質器對較堅硬的尖銳樣品顆粒不可放入無菌均質袋內進行均質實驗，如此的樣品對均質袋是一種很大的傷害。
　　沒有使用完的均質袋要放在沒有陽光照射的房間里，陽光的照射，會讓無菌均質器的均質袋的老化的過程比較快。